"十五"期间和2015年南沙海区海洋调查研究的指导思想是：在过去10多年南沙群岛海区大范围考察研究的基础上，抓住南沙群岛热带岛礁区海洋资源、环境与生态过程有特色的科学问题予以重点突破，取得高水平的理论成果，在国际上展示我国在南沙海区海洋科学研究方面的领先地位。同时，深入开展岛礁区海洋资源、环境的分析和应用研究，为加强我国在南沙群岛海区的开发提供实用性的研究成果，服务于经济建设等方面迫切的和长远的需求。

　　其具体发展目标如下：

　　在基础研究方面，着重南沙海区应用与开发问题的应用基础研究和基础性重大科学问题的研究，重点进行地球物理研究，油气资源分布和形成规律，了解南沙海区新能源资源，如甲烷天然气水合物的分布、生成条件；对南沙群岛珊瑚礁海洋环境与生态过程及其演变特征进行综合性研究，通过对生源元素、环境过程与生物过程各环节间的"物理-化学-生物"过程进行"集成"研究，揭示南沙海区海洋生态过程特征，建立南沙海区珊瑚礁区海洋生物资源的分布模式，为南沙海区渔业资源模式和渔业资源的可持续捕捞提供理论基础。在基础性重大科学研究上，争取在岛礁与岛礁群对南沙海区海洋环境过程的影响和南沙珊瑚礁的古气候与古环境记录解译与比较两个方面取得突破性的进展，使南沙海区的基础研究跃上一个新的台阶，在国际上显示我国在南沙海区海洋科学研究方面的领先地位。