承担海洋环境保护事务的综合协调工作；拟订海洋环境保护工作战略和方针政策；拟订海洋环境保护与整治规划、标准、规范；组织开展海洋环境的监测、监视与评价，编制国家海洋专项环境信息；拟订污染物排海标准和总量控制制度；承担海洋工程建设项目、海洋油气勘探开发和海洋倾废对海洋环境污染损害的防治工作，承担海洋生态损害的国家索赔工作；组织编制并实施溢油和赤潮应急预案；监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护；监督管理海洋自然保护区和特别保护区；组织全国海洋环境监测、监视网络，监督陆源污染物排海；组织开展海洋领域节能减排工作；拟订海洋技术标准、计量、规范和办法；承办局领导交办的其他事项。