2006年，国家海洋局继续组织开展海岸侵蚀监测。结果表明，辽宁省营口市盖州-鲅鱼圈岸段侵蚀速度减缓、海南省海口市新海乡新海村岸段趋于稳定，其他岸段海岸侵蚀范围和强度仍在不断增大。除监测岸断地质岩性相对脆弱、海平面上升和频繁风暴潮影响等自然因素外，海滩和海底采砂对海底自然平衡的破坏，海岸工程修建对环境动力条件的改变，以及上游泥沙拦截使得入海泥沙量的减少等人类活动是导致海岸侵蚀速率增加的主要原因。
辽宁省营口市盖州-鲅鱼圈岸段 该岸段总长度60公里，2003年8月至2006年7月，15公里的沙质岸段受蚀后退，最大侵蚀宽度为2.0米，年均侵蚀宽度0.7米，年侵蚀总面积10 500平方米。海岸侵蚀导致沿海公路破坏，农田、防护林和贴岸建筑受到严重威胁。近年来，对该岸段的管理得以加强，海滩和海底采砂受到严格控制，在一些严重侵蚀的岸段修建了防护设施，海岸侵蚀速度减缓。与2003年监测结果相比，海岸侵蚀长度减少5.9公里，最大侵蚀宽度减少1.0米，年均侵蚀宽度减少0.2米。
辽宁省葫芦岛市绥中岸段 该岸段总长度82公里，位于绥中原生沙质海岸及海洋生物多样性自然保护区内。监测结果表明，海岸侵蚀长度为40.8公里。从2002年8月到2006年7月，侵蚀总面积0.49平方公里，最大侵蚀宽度16.6米，年均侵蚀宽度3米。导致该岸段侵蚀的主要原因是六股河口门外海底大量采砂破坏了海底自然平衡，与2002年前监测结果相比，海岸侵蚀速度呈加快趋势，海岸侵蚀长度增加14.4公里， 最大侵蚀宽度增加0.8米，年均侵蚀宽度增加0.5米。
山东省龙口至烟台岸段 该岸段海岸线全长约167.3公里，2003年8月至2006年8月，侵蚀的岸线约35.6公里，海岸侵蚀总面积0.47平方公里，累积最大侵蚀宽度57米；年最大侵蚀宽度19米；平均侵蚀宽度13.1米；年平均侵蚀宽度4.4米。海岸侵蚀导致该岸段部分海滨浴场、渔港和养殖设施破坏，沿岸农田和居民区受到威胁。与2003年监测结果相比，海岸侵蚀长度增加6.8公里，侵蚀总面积增加0.16平方公里，年海岸侵蚀速度增加3米。海滩和海底的海沙开采、海岸工程修建的不合理是海岸侵蚀的主要原因。
江苏省连云港至射阳河口岸段 监测结果表明，2003年4月～2006年5月间该岸段沿岸海堤受侵蚀破坏严重的岸线长度为19.75公里，海岸侵蚀的总面积为5.29平方公里。年最大侵蚀宽度为37.8米，年平均侵蚀宽度16.8米。海岸侵蚀冲毁二洪盐场和振东乡对虾场数千亩盐田、养殖鱼塘和虾塘等，并对滩涂资源的开发造成很大的影响。
上海市崇明东滩岸段 监测结果表明，崇明东滩岸段侵蚀主要在其东侧，2006年5～10月间，该岸段岸滩侵蚀长度为8.14公里，最大侵蚀宽度67米，平均侵蚀宽度37米，侵蚀面积为0.30平方公里，直接威胁附近沿岸海堤安全。侵蚀主要原因与长江上游建坝筑库有关，近年上游部分泥沙被拦截，使得入海泥沙量呈逐年减少趋势，导致位于长江口的崇明东滩来沙量也相应减少，造成部分滩面和岸线甚至发生蚀退现象。
广东省雷州市赤坎村岸段 监测结果表明，2003年至2006年，该岸段侵蚀长度为300米，平均侵蚀宽度2.0米，最大侵蚀宽度5.0米，侵蚀总面积800平方米。近几年海岸侵蚀加剧，直接威胁村民的生命财产安全。地质岩性较为脆弱、海平面上升和频繁风暴潮影响等自然因素是该岸段海岸侵蚀的主要原因。
海南省海口市新海乡新海村和长流镇镇海村岸段 海岸侵蚀长度546米，近年来，民生燃气码头与粤海轮渡南港码头防波堤先后建成，海岸侵蚀有所加剧。1998年至2002年间，局部岸段海岸侵蚀后退约80米，2003年10月监测时，由于护岸堤的建设，海岸侵蚀现象已经稳定下来。但2006年的监测结果表明，新海村岸段尚未达到平衡，海岸将继续以侵蚀后退为主。
长流镇镇海岸段监测结果表明，2003年至2006年，海岸侵蚀长度达1 539米，平均侵蚀宽度3.0米，最大侵蚀宽度8.0米，侵蚀总面积4 300平方米。与2003年监测结果相比，侵蚀长度增加739米，平均侵蚀宽度增加约1.0米，最大侵蚀宽度增加3.0米，侵蚀总面积扩大 1 800平方米。除海平面上升和风暴潮等自然因素外，人工构筑物的修建和取沙等人为因素是海岸侵蚀速度增加的主要原因。
国务院发布《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》
我国《海洋环境保护法》的首个配套条例《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》于2006年8月30日，经国务院第148次常务会议审议通过。2006年9月19日国务院总理温家宝签署国务院令正式对外公布，于2006年11月1日起施行。
《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》的出台是我国强化海洋环境保护、促进海洋事业可持续发展的重大举措，也是海洋法制建设取得的又一重要成果。同时，也结束了我国海洋工程建设项目海洋环境保护管理无细化操作法规可依的局面。
