2003年，各级海洋行政主管部门在巩固海洋赤潮预防、控制和治理工作所取得成果的基础上，将我国赤潮监控区由上年的10个增至18个，同时，充分利用船舶、海监飞机和卫星遥感等技术手段加大赤潮监测监视频率，提高了赤潮发现率，进一步完善了赤潮的应急响应系统。

　　2003年全海域共发现赤潮119次，累计面积约14 550平方公里。其中，在赤潮监控区内发现赤潮36次，累计面积近1 500平方公里。

2002-2003年各海区赤潮发生情况对比

　　2003年赤潮发生的主要特点为：

　　时段长、高发期集中、持续时间延长　全年12个月均有赤潮发生，黄、渤海赤潮主要集中在夏季，高发期在7～8月；东海从春末至秋末均有赤潮发生，高发期在5～9月；南海赤潮四季均有发生，但5～9月为高发期。长江口及浙江近岸和近海海域从4月中旬至7月初发生赤潮近40次，且持续时间长，最长一次赤潮过程持续35天。

　　大面积赤潮增加、区域集中　全海域共发生100平方公里以上的赤潮27次。其中，500平方公里以上的赤潮8次，大面积赤潮仍集中在长江口和浙江沿海，累计面积超过10 000平方公里。东海赤潮发生次数和累计面积分别约占全海域的72%和89%。

　　有毒有害藻类增加　黄渤海海域赤潮生物多为可对鱼类产生危害的夜光藻（Noctiluca scintillans）、海洋卡盾藻(Chattonella marina)和赤潮异湾藻（Heterosigma akashiwo）；长江口和浙江沿海6月下旬之前赤潮生物种类多为甲藻类的具齿原甲藻（Prorocentrum triestinum），后期主要为硅藻类的中肋骨条藻（Skeletonema costatum）；福建与广东沿海发生的赤潮相对较为分散，面积也较小，但有害赤潮生物种类较多，如亚历山大藻（Alexandrium sp.）、米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）、倒卵形鳍藻（Dinophysis fortii）、海洋卡盾藻(Chattonella marina)、赤潮异湾藻（Heterosigma akashiwo）和球形棕囊藻（Phaeocystis globosa）等。